En convento se articula en torno a un patio central rodeado por un claustro corrido de doble planta. En la planta baja, aún se conservan restos de su decoración a base de simulación de mármoles y jaspes, poseía un vía crucis cuyas estaciones estaban pintadas probablemente en óleo sobre tela. En el centro del patio está el aljibe, del que se extraía el agua a través de dos pozos, que conservan su brocal labrado en piedra de La Almagra. La crujía este estaba ocupada en planta baja por la escalera conventual, que daba acceso a planta primera de claustro, así como la cocina y el refectorio, este último decorado con motivos florales y geométricos en azulete, con un púlpito de madera. La crujía oeste estaría ocupada por la portería y el locutorio, mientras que la parte de mediodía estaría destinada a despensas y bajo ella el sótano, que pudo servir de bodega. La planta primera estada destinada a las celdas o dormitorios de los frailes, existiendo así mismo, salas de estar y de reuniones, así como posiblemente aulas. En cuanto a la planta de cámara, sirvieron como almacenes y posteriormente, en los momentos de máxima ocupación del edificio como dormitorios.
La iglesia, consagrada a la Purísima Concepción, presenta una portada que responde a esquemas renacentistas, simulando un arco de triunfo sostenido por pilastras jónicas. Sobre el frontón existe una hornacina vacía que albergó la figura de San Francisco de Asís, que actualmente se encuentra sobre el compás de entrada del Real Monasterio de la Encarnación. Junto a la portada se alza el campanario de ladrillo construido en el siglo XVIII. El interior de la iglesia recuerda poco su pasado renacentista, ya que fue remodelada en el barroco, estrechándose la nave central con grandes pilastras de ladrillo, las cuales ocultaban las piedras originales y daban mayor profundidad a las capillas laterales, muchas de las cuales están presididas por los escudos de las familias a las que pertenecieron. También se rebaja la techumbre con una gran bóveda, dejando oculto el artesonado de madera y los arcos fajones decorados con estrellas y motivos figurativos