El proyecto de rehabilitación del Convento de San Francisco, se ha abordado en su totalidad, comprendiendo dos fases.
Con fecha de 22 de julio de 2008, el Ministerio de Fomento firmó un convenio con el Ayuntamiento de Mula para la recuperación del Convento de San Francisco de Mula. El Ministerio de Fomento concedió el 1% cultural al Ayuntamiento para la ejecución del Proyecto de Rehabilitación del Convento de San Francisco para uso cultural, asignándole un importe de licitación de 1.481.894 €, que incrementado en la participación de la CARM (562.000 €) y del Excmo. Ayuntamiento de Mula (73.094,62€) da un importe total de licitación de 2.116.992,06 €.
En la primera fase se restauró el ala oeste, parte del ala sur y el claustro en sus dos plantas, y el uso al que se destino es el de museo de la Ciudad de Mula. En esta fase se descubrió la portada principal de acceso a la Iglesia de la Purísima Concepción. Se trata de una puerta realizada en piedra, que se halló al hacer una cata parietal en el acceso tapiado hacia la Iglesia existente en la parte central del claustro norte. Fueron de gran importancia las prospecciones arqueológicas que guiaron la restauración de esta fase del edificio.
El 22 de diciembre de 2014, el Ayuntamiento de Mula remite solicitud de ayuda al programa del 1,5 % Cultural con el proyecto titulado: Proyecto básico para la terminación de la restauración del Convento de San Francisco de Mula, por un importe de 2.502.000,01 €, cuya subvención solicitada al Ministerio de Fomento es de 1.746.396,00 € (69,8 %), correspondiendo al Ayuntamiento un importe de 755.604,01 € (30,2 %).
En la segunda fase se restauró el ala este, ala sur, escalera conventual, patio interior y se puso en valor todo el edificio, dotándolo de instalaciones para los diferentes usos que conviven en esta fase, como son: ampliación del uso museístico, biblioteca municipal, archivo histórico, y salas polivalentes. Es de reseñar el máximo respeto al edificio, como puede contemplarse en la escalera conventual, refectorio en donde se han recuperado la totalidad de las pinturas murales existentes, etc.