La conquista del reino de Granada en 1492 supuso la pacificación del sureste, una tierra de frontera con continuas escaramuzas y cabalgadas entre musulmanes y cristianos. La villa de Mula comenzó de esta forma a expandirse fuera de sus murallas, ocupando el valle y la huerta en un momento de expansión agrícola y crecimiento poblacional. Durante el siglo XVI se creará la plaza del Ayuntamiento, comenzará a levantarse la iglesia de San Miguel y la torre del Reloj, y el marqués edificará el Castillo.
Castillo de Mula, con la villa a sus pies
El siglo XVII supondrá un frenazo al crecimiento poblacional y económico de la villa. Estará caracterizado por una profunda crisis agraria como consecuencia de las sequías y por la pérdida demográfica originada por la epidemia de peste de 1648, que acabó con más del 60 % de la población. Sin embargo, en esos momentos de desasosiego tuvo lugar la aparición del Niño Jesús al pastor Pedro Botía en el Balate, a la que se unió la llegada de los restos de San Felipe Mártir, produciéndose el milagro que marcará la vida religiosa del municipio.
El siglo XVIII será una nueva etapa de florecimiento, transformando numerosas iglesias al gusto barroco y levantando numerosos palacios y casonas entre las que destacan la Casa Pintada y el palacio del marqués de Menahermosa, dibujando un parcelario que prácticamente ha llegado hasta nuestros días.