Tras finalizar las obras de restauración del Convento de San Francisco en 2013, el edificio permaneció cerrado, realizándose visitas puntuales a su interior en las que se explicaba la historia del monumento y su restauración. A finales de 2014, se realizó un proyecto museográfico y de musealización del futuro Museo, para las colecciones arqueológicas del municipio, que se encontraban olvidadas en los fondos del Museo Arqueológico de Murcia.
Al carecer Mula de un museo propio que contará su historia, los materiales arqueológicos no podían exponerse en Mula, de ahí la redacción del proyecto, que fue aprobado por la Corporación Municipal y enviado al programa europeo Leader, que concedió subvención para su desarrollo. Durante varios meses, se estudiaron más de 100 cajas de materiales en los fondos del Museo Arqueológico de Murcia, para seleccionar de cada periodo cultural los materiales mejor conservados y que pudieran completar el discurso histórico del Museo. Tras el diseño museográfico de las vitrinas, de los paneles, de los textos, dibujos e imágenes, el Museo abrió sus puertas en la primavera del 2015
