
El Convento de San Francisco, sede del Museo, cuenta con espacios altamente sugestivos, pues desde el comienzo de la visita se pueden contemplar elementos singulares del Convento. Tras cruzar el arco de sillares de la entrada, el visitante comienza un viaje al pasado histórico y arqueológico de Mula, siendo recibido en una gran sala donde se proyecta un audiovisual sobre el patrimonio cultural y turístico del municipio. Desde aquí, se accede al claustro bajo, primer espacio expositivo del Museo, donde el visitante no solo disfrutará de la exposición temporal instalada al efecto, sino también de elementos arquitectónicos y artísticos del monumento, como son las bóvedas del claustro, las pinturas murales, la puerta original de entrada a la iglesia, la puerta del antiguo hospital, el patio, etc.
Desde este espacio se accede, siempre por las puertas originales, a la planta primera, donde encontramos la Sala Permanente. En ella, a través de un mueble expositor con catorce vitrinas repartidas a lo largo de siete ámbitos temáticos, el visitante realiza un recorrido lineal y cronológico desde la Prehistoria hasta la Historia reciente de la ciudad, comenzando por un audiovisual titulado El Legado de Mula en la Historia. Los ámbitos temáticos son: los primeros pobladores, la cultura ibérica, la romanización, la Edad Media, la Edad Moderna, la Edad Contemporánea y, para terminar, el ámbito dedicado el patrimonio arqueológico en Mula, que incluye una vitrina accesible a los visitantes con discapacidad visual. Las piezas seleccionadas proceden únicamente de yacimientos de Mula, destacando algunas de ellas por su singularidad al no haber hallado paralelo en otras excavaciones. Completan la exposición elementos arquitectónicos, documentación de archivo, grabados y fotografías de época, donaciones de vecinos, etc.
Junto a ella, la Sala de Exposiciones Temporales, ubicada en la planta primera de claustro, también conserva elementos significativos del Convento. La sala dispone de vitrinas, peanas y sistema de railes para colgar cuadros, pudiéndose realizar en ella exposiciones de diversa índole: pintura, escultura, arqueología, artes plásticas, etc. Se completa con la zona de administración, ubicada en la planta de cámara.